この記事の結論
フレックスタイム制は、始業・終業の時刻を労働者自身の決定に委ねる制度で、清算期間は最長3か月まで設定できます（労働基準法第32条の3）。清算期間を1か月以内にとどめるか、1か月を超えて設定するかで、労使協定の届出義務や月ごとの労働時間の上限といった追加ルールの有無が変わるため、導入時にはどちらの型を選ぶかを制度設計の段階で決めておく必要があります。
根拠条文
労働基準法第32条の3第1項第2号
二 清算期間（その期間を平均し一週間当たりの労働時間が第三十二条第一項の労働時間を超えない範囲内において労働させる期間をいい、三箇月以内の期間に限るものとする。以下この条及び次条において同じ。）
労働基準法第32条の3第2項
② 清算期間が一箇月を超えるものである場合における前項の規定の適用については、同項各号列記以外の部分中「労働時間を超えない」とあるのは「労働時間を超えず、かつ、当該清算期間をその開始の日以後一箇月ごとに区分した各期間（最後に一箇月未満の期間を生じたときは、当該期間。以下この項において同じ。）ごとに当該各期間を平均し一週間当たりの労働時間が五十時間を超えない」と、「同項」とあるのは「同条第一項」とする。
労働基準法第32条の3第4項
④ 前条第二項の規定は、第一項各号に掲げる事項を定めた協定について準用する。ただし、清算期間が一箇月以内のものであるときは、この限りでない。
清算期間の設計
(1) 清算期間の上限は3か月
清算期間の上限は3か月です（労働基準法第32条の3第1項第2号）。2019年4月1日施行の働き方改革関連法による改正前は上限1か月でしたが、この改正で延長されました。原則として、期間全体を平均して週40時間を超えないように総労働時間を設定する必要があります。
常時10人未満の商業・サービス業等（特例措置対象事業場）では、週平均44時間を基準として総枠を設計することが認められています（労働基準法施行規則第25条の2第2項）。ただしこの特例は清算期間が1か月以内の場合に限られます。清算期間を1か月超に設定する場合は、小規模な事業場であっても週平均40時間が上限となります。44時間を基準にカレンダーを組むと、設定した総労働時間が法定労働時間の総枠を超え、超過時間について時間外労働としての取扱いや割増賃金の支払いが必要となるおそれがあります。
(2) 清算期間が1か月を超える場合は月ごとの上限も追加される
清算期間が1か月を超える場合、清算期間全体の週平均40時間に加えて、清算期間を1か月ごとに区分した各期間の労働時間が週平均50時間を超えないようにする必要があります（労働基準法第32条の3第2項）。特定の月に長時間労働が偏ることを防ぐための歯止めで、この50時間を超えた部分は清算期間全体の清算を待たず、その月の時間外労働として割増賃金の対象になります。
(3) コアタイム・フレキシブルタイムは任意
労使協定では、対象労働者の範囲・清算期間・総労働時間・標準となる1日の労働時間などを定めます。必ず労働すべき時間帯（コアタイム）や、始業・終業を各自で選べる時間帯（フレキシブルタイム）を設けるかどうかは任意です。コアタイムを置かない、いわゆる「フルフレックス」も制度上は可能ですが、社内外の連絡体制や取引先対応との整合を業種ごとに検討する必要があります。
なお、労働基準法第32条の3は始業「及び」終業の双方の時刻の決定を労働者に委ねることを要件としています。始業時刻を固定したままにする、コアタイムが長くフレキシブルタイムが前後30分程度しかないといった運用は、実質的に決定権が労働者にないと評価され、制度が無効と判断されるおそれがあります。
また、満18歳未満の年少者にはフレックスタイム制を適用できません（労働基準法第60条第1項）。妊産婦（妊娠中および産後1年を経過しない女性）については、フレックスタイム制自体の適用は可能ですが、本人が請求した場合は清算期間の法定総枠を超える時間外労働・休日労働・深夜業をさせることはできません（同法第66条第2項・第3項）。本人の意思で日々の始業・終業時刻を調整させること自体は禁止されていません。
休憩についても労働基準法第34条がそのまま適用されます。一斉付与の原則が適用される事業場で、労働者ごとに異なる時間に休憩を与える場合は、一斉休憩の適用除外に関する労使協定が必要です。なお、運輸交通業・商業・接客娯楽業など、一斉付与原則が適用されない業種もあります。
手続き上の義務
フレックスタイム制の導入には、清算期間の長さに関係なく、就業規則その他これに準ずるものへの規定と労使協定の締結が必要です。
このうち届出手続については、清算期間が1か月以内であれば労働基準監督署への届出は不要です。一方、清算期間が1か月を超える場合は、労使協定を所轄の労働基準監督署長に届け出る必要があります（労働基準法第32条の3第4項）。清算期間の長さを決めた時点で、届出の要否をあわせて確認しておくことをおすすめします。
加えて、労使協定を締結する従業員側の過半数代表者の選任手続にも注意が必要です。会社が指名した者や親睦団体の代表者が、投票・挙手等の民主的な手続を経ずに代表者となっていた場合、労使協定そのものが無効と判断されます（トーコロ事件・最高裁平成13年6月22日第二小法廷判決の法理）。協定が無効になればフレックスタイム制も無効となり、原則の労働時間管理（1日8時間・週40時間）に基づく未払割増賃金の遡及リスクを負うことになります。
違反した場合の罰則
罰則は、違反の内容に応じて適用条文が異なります。
- 清算期間が1か月を超える労使協定の届出を怠った場合：30万円以下の罰金（労働基準法第32条の3第4項・第120条第1号）
- 労使協定の無効等によりフレックスタイム制の効力が認められない状態で、法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えて労働させた場合：6か月以下の拘禁刑又は30万円以下の罰金（同法第32条・第119条第1号）
- 必要な割増賃金を支払わなかった場合：6か月以下の拘禁刑又は30万円以下の罰金（同法第37条・第119条第1号）
なお、2025年6月1日施行の改正刑法等により、従来の「懲役」は「拘禁刑」に一本化されています。刑事罰に加え、未払割増賃金の遡及支払という金銭リスクの方が実務上は重くなります。
関連判例
- 福島県教組事件（最高裁昭和44年12月18日第一小法廷判決・民集23巻12号2495頁）：過払い賃金をその後の賃金から差し引く調整的相殺が例外的に許されるための要件（過払いのあった時期と合理的に接着した時期に行われること、予告があること、額が多額に及ばないことなど）を示した判例です。賃金からの相殺・控除を検討する際の一般的な法理として参照するもので、週平均50時間超として確定した割増賃金を後の月に帳消しにできないことの直接の根拠は、フレックスタイム制における月ごとの時間外労働の清算ルール（労働基準法第32条の3第2項）です。
- トーコロ事件（最高裁平成13年6月22日第二小法廷判決・労判808号11頁）：民主的な選出手続を経ていない過半数代表者が締結した協定を無効と判断しました。フレックスタイム制の労使協定でも同様に、選任手続の不備は制度全体の無効につながります。
よくある実務事例Q&A
Q．清算期間を3か月としています。1か月目に労働が集中し「週平均50時間」の枠を超えたため、その月の給与で超過分の割増賃金を支払いました。その後2か月目・3か月目が閑散期となり、3か月全体を平均すると週40時間以内に収まりました。1か月目に支払った割増賃金を、最終月の清算時に相殺・控除して帳消しにできますか。
A．帳消しにはできません。清算期間が1か月を超える場合、各月ごとに週平均50時間を超えた部分は、その月の時間外労働として支払義務がその時点で確定します（労働基準法第32条の3第2項）。清算期間全体で帳尻が合ったからといって、既に確定した割増賃金を後から控除したり翌月以降の賃金と相殺したりすることは、賃金全額払いの原則（同法第24条第1項）の問題となります（賃金からの調整的相殺の要件については福島県教組事件の法理を参照）。なお、同一の清算期間内で生じた不足時間を、その清算期間内の翌月に配分することは、翌月の法定労働時間の総枠等を超えない範囲で可能です。逆に、総枠を超えて労働した「プラス時間」を後の月に繰り越して当該月の割増賃金を支払わない運用は違法となります。
補足：実務上の論点
清算期間を長く設定するほど月ごとの繁閑を吸収しやすくなる一方、清算のタイミングが遅れる分だけ長時間労働の発見も遅れやすくなります。清算期間中の実労働時間は日々把握したうえで、月次で週平均50時間ラインへの接近がないかを確認する運用をおすすめします。フレックスタイム制でも労働時間の把握義務は免除されません。月ごとの週50時間超の判定や中途清算を正しく行うには、タイムカード等の客観的な記録による日々の実労働時間の把握が前提となります。
あわせて、次の3点も設計段階で確認しておくと安全です。
- 完全週休2日制の総枠特例：暦日数31日の月（総枠177.1時間）で所定労働日が23日ある場合、1日8時間の勤務でも8時間×23日＝184時間となり、残業をしていないのに総枠を超えてしまいます。週の所定労働日数が5日の労働者について、労使協定で「所定労働日数×8時間」を総枠とする定め（労働基準法第32条の3第3項）を置くことで、曜日の巡りによる不要な時間外労働の発生を防げます。
- 休日労働は別個に清算：委ねられるのは始業・終業の時刻であり、休日の設定ではありません。法定休日に労働させた時間は清算期間の総労働時間や週50時間の判定に含めず、その月の賃金計算で3割5分以上の割増賃金を支払います。
- 中途採用者・退職者の中途清算：清算期間より短い期間しか在籍していない労働者については、実際に労働した期間を平均して週40時間（該当する場合は44時間）を超えた時間について、入社月または退職月の賃金支払期に割増賃金を支払います（労働基準法第32条の3の2）。
一次情報・参考資料
- 労働基準法（e-Gov法令検索）：第24条第1項、第32条、第32条の3、第32条の3の2、第34条、第37条、第60条第1項、第66条第2項・第3項、第119条第1号、第120条第1号
- 労働基準法施行規則（e-Gov法令検索）：第25条の2第2項
- 厚生労働省 滋賀労働局「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」（2019年4月1日施行の改正内容と導入時の注意点）
- 福島県教組事件（最高裁昭和44年12月18日第一小法廷判決・民集23巻12号2495頁）
- トーコロ事件（最高裁平成13年6月22日第二小法廷判決・労判808号11頁）
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